Οι οκτώ κατηγορούμενοι αντιμετωπίζουν κατά περίπτωση τα εξής αδικήματα: Βαριά σωματική βλάβη ανήλικου, επικίνδυνη σωματική βλάβη ανήλικου, απλή σωματική βλάβη ανήλικου, απειλή σε βάρος ανηλίκου, συνέργεια σε απλή σωματική βλάβη, έκθεση, βαριά σωματική βλάβη ανηλίκων που δεν μπορούσαν να υπερασπιστούν τον εαυτό τους, ηθική αυτουργία κατά συρροή σε επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκου, ηθική αυτουργία κατά συρροή σε απλή σωματική βλάβη ανήλικου και ηθική αυτουργία κατά συρροή σε απειλή σε βάρος ανηλίκου.
Ο πατέρας Αντώνιος κατά το κατηγορητήριο «προξένησε σωματική κάκωση και βλάβη της υγείας σε ανήλικους ευρισκόμενους υπό την προστασία του και σε πρόσωπο που δεν μπορούσε να υπερασπιστεί τον εαυτό του και με το οποίο είχε σχέση εργασίας, η οποία είχε ως επακόλουθο την βαριά σωματική τους βλάβη με τη μεθοδευμένη πρόκληση σε αυτούς σωματικής εξάντλησης επικίνδυνες για την υγεία τους και Ψυχικού πόνου ικανού να επιφέρει σ’ αυτούς σοβαρή ψυχική βλάβη μέσω της παρατεταμένης απομόνωσης», ενώ κατηγορείται για ηθική αυτουργία σε επικίνδυνη σωματική βλάβη και απλή σωματική βλάβη.
Ο ιερέας φέρεται από τον Ιούνιο εως τον Αύγουστο του 2019 ενεργώντας από κοινού με τον Σ.Π, μέλος του ΔΣ της οργάνωσης και τον Π.Σ εργαζόμενο της δομής «κατόπιν συναπόφασης και με κοινό δόλο προκάλεσαν μεθοδευμένα σε ένα 15χρονο τότε αγόρι που φιλοξενείτο στο Βόλο σωματική εξάντληση επικίνδυνη για την υγεία του και ψυχικό πόνο ικανό να επιφέρει σ’ αυτόν σοβαρή ψυχική βλάβη, επιβάλλοντας του για λόγους σωφρονισμού να εργάζεται καθημερινά, επί οκτάωρου, κάνοντας βαριές χειρωνακτικές εργασίες και συγκεκριμένα επιβάλλοντας του να καθαρίζει το έδαφος με τη χρήση χορτοκοπτικού μηχανήματος, να καθαρίζει, να αρμέγει και να ταΐζει τα ζώα και να μεταφέρει τις ακαθαρσίες με βαριά τσουβάλια».
Επιπλέον φέρεται τον Δεκέμβριο του 2019 μαζί με την υπεύθυνη της δομής του Βόλου να προκάλεσε σε 12χρονο τότε αγόρι ψυχικό πόνο που εξομοιώνεται με πρόκληση βαριάς σωματικής βλάβης, καθώς τον είχαν «σε παρατεταμένη απομόνωση για περίπου δύο μήνες, για λόγους σωφρονισμού, σε σπιτάκι στις εγκαταστάσεις της δομής εντός του οποίου ήταν διαρκώς κλειδωμένος και μόνος του και του πήγαιναν μόνο φαγητό, ενώ τον ανάγκαζαν να πίνει νερό από την τουαλέτα του σπιτιού αυτού, νερό που δεν ήταν πόσιμο αλλά και να πλένεται με το νερό αυτό, το οποίο ήταν κρύο».
Στο κατηγορητήριο περιγράφονται δεκάδες περιστατικά σε Βόλο, Αθηνα, Χίο και Καλαμάτα κατά τα οποία ο πατέρας Αντώνιος φέρεται να προκάλεσε ψυχικές και σωματικές βλάβες σε φιλοξενούμενους της «Κιβωτού». Το 2021 φέρεται να υποχρέωσε φιλοξενούμενο της δομής να εργάζεται οκτάωρο σε αποθήκη αν και είχε σπάσει το πόδι του. Από τον Ιανουάριο εως τον Μάρτιο του 2022 ο πατέρας Αντώνιος φέρεται να οδήγησε δυο φιλοξενούμενους της δομής σε απομόνωση για 3 μήνες τον έναν και για 1 μήνα τον δεύτερο.
«Σχετικά με την παρατεταμένη απομόνωση του πρώτου των παθόντων, αυτή έλαβε χώρα εντός ενός δωματίου που βρισκόταν μέσα σε ένα παράσπιτό στις εγκαταστάσεις της δομής στον Άνω Βόλο, το οποίο ήταν κρύο, μη επιπλωμένο και εξοπλισμένο μόνο με ένα στρώμα στο πάτωμα και μία κουβέρτα, στο οποίο του πήγαιναν νερό και φαγητό και εντός του οποίου ήταν διαρκώς κλειδωμένος, χωρίς πρόσβαση σε οποιοδήποτε μέσο απασχόλησης και ψυχαγωγίας και χωρίς πρόσβαση σε τουαλέτα, αφού η πόρτα του δωματίου της τουαλέτας ήταν επίσης κλειδωμένη, ενώ του επέτρεπαν εξέρχεται από το δωμάτιο αυτό μόνο προκειμένου να κάνει αγροτικές εργασίες, παραμένοντας πάντα μόνος του».
Ο επικεφαλής της οργάνωσης κατηγορείται επίσης επειδή επέβαλλε σε φιλοξενούμενο στη δομή να εργάζεται για 1,5 χρόνο για 12 ώρες καθημερινά χωρίς αντάλλαγμα στο μαγειρείο της δομής της Χίου, ενώ ενώ για δυο μήνες του επέβαλλαν να να σπάει πέτρες σε ένα βουνό από τις 7 το πρωί εως τις 2 το μεσημέρι και κατά τη διάρκεια όλης της ημέρας βρισκόταν σε απομόνωση.
Πέρα από τις πράξεις που αποδίδονται στον πατέρα Αντώνιο, το κατηγορητήριο περιλαμβάνει και σειρά πολλών επεισοδίων σε βάρος φιλοξενούμενων, για τα οποία του αποδίδεται η ηθική αυτουργία.
Για παράδειγμα, κατηγορείται ότι έπειτα από δίκη του απόφαση δυο εργαζόμενοι της δομής στο Βόλο ξυλοκόπησαν με γροθιές, κλωτσιές και σανίδες έναν φιλοξενούμενο της δομής που βρισκόταν σε απομόνωση, αλλά και δυο ακόμη φιλοξενούμενους της δομής τους οποίους εμφανίζονται να χτύπησαν χρησιμοποιώντας σιδερένιο αντικείμενο.